- 1859-1860 : malade, Benoît Malon trouve asile chez son frère Jean, instituteur à Margerie- Chantagret. Guéri, il suit les cours de sa classe, acquiert les bases dont il manquait, lit beaucoup et, pendant les vacances scolaires, travaille occasionnellement comme journalier.
- 1860-1861 : séjour à Maringes où Jean Malon a été nommé. Benoît Malon continue à suivre les cours de son frère et se lie d’amitié avec plusieurs jeunes de Maringes.
- Septembre 1861 : Benoît Malon entre, à Lyon, à l’école cléricale de la paroisse Saint- Eucher.
- Janvier 1862 : Benoît Malon entre au petit séminaire. A la même époque, il déclare son amour à Jeannette Girin, la soeur de l’un de ses amis de Maringes.
- Février 1862 : à Montbrison, Benoît Malon tire un « bon numéro » qui l’exempte du service militaire.
- Septembre 1862 : Benoît Malon, qui a quitté le petit séminaire, occupe un emploi « dans le commerce » puis à la Banque de Prévoyance de Trévoux (Ain)
- Mai 1863 : Benoît Malon revient, sans conviction, au petit séminaire qu’il quitte à nouveau. Il revient à Maringes puis, de là, après une 1ère rupture avec Jeannette Girin, part pour Paris