Les dernières années de la vie de Benoît Malon furent assombries par la maladie. Il était atteint d'un cancer de la gorge ; il continua cependant à travailler jusqu'à sa mort, avec acharnement pour achever son œuvre et mettre au point son ouvrage sur le Socialisme intégral qu'il a peur de ne pouvoir achever. Il se soigna au soleil de la Méditerranée, où son ami Rodolphe Simon - qui était le mécène de la Revue Socialiste - mit sa maison à sa disposition. A la fin, lorsque Eugène Fournière vint le voir, il communiquait avec lui en écrivant sur une ardoise : il ne pouvait plus parler car on avait pratiqué une trachéotomie pour lui permettre de respirer malgré les progrès du mal. Il fut ramené à Asnières pour y mourir en 1893. A Paris, 10 000 républicains et ouvriers (les "blouses") accompagnent sa dépouille mortelle au cimetière du Père-Lachaise où il est incinéré. Les drapeaux rouges et les discours de ses amis l'accompagnaient. En 1913, un monument est édifié par souscription face au mur des Fédérés contre lequel avaient été fusillés les derniers combattants de la Commune et il y eut un grand discours de Jaurès qui dit alors - nous l'avons déjà noté - quelle était sa dette vis-à-vis de Benoît Malon.